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1776 a 1785

En julio de 1776, como otro paso más en el proceso de las reformas borbónicas, el rey Carlos III de España nombraba ministro universal de Indias a José de Gálvez, quien había estado en Sonora durante 1769 realizando una visita de inspección y de reorganización de las colonias, y ahora podría continuar esa tarea reorganizativa.

Dos meses antes de tomar posesión Gálvez, el Caballero Teodoro de Croix fue nombrado primer Comandante General de las Provincias Internas. Las provincias internas comprendían todo el actual norte de México y sur de los EEUU.

Croix llegaría a Arizpe, la escogida capital de las Provincias, hasta el 13 de noviembre de 1779. Para entonces, el cambio de los presidios por Oconor, otra medida más tomada sin darse cuenta de lo que acarrearía, había ocasionado que los apaches atacaran casi diariamente todos los asentamientos establecidos a lo largo del río Santa Cruz, robándose ganado, matando gente, quemando casas.

En mayo de 1777 había regresado de Anza a Sonora, ahora con el título de Comandante militar de Sonora, y al ver la precaria situación de la Pimería Alta, obtuvo del virrey la autorización para regresar a sus lugares originales los presidios de Terrenate, Fronteras y Tubac. Sin embargo, fue nombrado gobernador de Nuevo México antes que pudiera actuar, por lo que no fue sino hasta la llegada de Croix a Arizpe cuando se pudo actuar sobre esto. Para entonces, las depredaciones de los apaches habían empeorado.

Por otro lado, en 1779 los padres Francisco Garcés y Juan Díaz habían iniciado la colonización en el río Yuma con el establecimiento de dos misiones y el asentamiento allí de habitantes llevados desde el valle de Santa Cruz. Sin embargo, en julio de 1781 éstas eras destruidas por los indios con el resultado de la muerte de cuatro misioneros y más de 100 colonos.

Al ocurrir esta masacre ya era a todas luces evidente que la relocalización de los presidios por Oconor había sido un error garrafal. En mayo de 1780 pasaba por el actual municipio de Nogales el Gobernador Militar de la Provincia de Sonora, Jacobo de Ugarte y Loyola, con el Teniente Gerónimo de la Rocha, del Real Cuerpo de Ingenieros, quienes venían enviados por Croix al mando de una expedición para investigar el estado de los presidios fronterizos.

Su recomendación fue que el presidio de San Bernardino debía regresar a Fronteras, así como mover el presidio de Santa Cruz Gaybanipitea. Además, en vez de reestablecer el presidio de Tubac, recomendaron un nuevo presidio, San Rafael de Buenavista le llamaron, y hasta propusieron su localización: en una mesa situada aproximadamente a un kilómetro al sureste de donde actualmente se encuentran las casas del rancho de Buenavista, para proteger Tubac, Tumacácori y Calabazas y poder repoblar Sonoita, Guevavi, Soamca y el valle del Santa Cruz

Sin embargo, el nuevo presidio de Buenavista nunca se construiría, aunque el Gobernador constituyó una Compañía Volante de Pimas, con base en San Ignacio, y que en 1787 sería cambiada a Tubac.

En 1784 llegaba a Alamos el Primer Obispo de Sonora, un franciscano que anteriormente había sido misionero en Cucurpe, Fray Antonio de los Reyes, como resultado de otra de las reformas borbónicas: el establecimiento del Obispado de Sonora.

El 1 de octubre de 1786 un grupo de apaches se presentaba en Calabazas, diciendo que querían asentarse en paz y venían a ver las tierras cercanas al lugar para ver cuales les convenían para vivir. Y como poco antes otro grupo se había también presentado en Bacoachi con la misma petición y vivían ahora en paz, los habitantes de Calabazas les creyeron. Al presentarse el momento que esperaban, rápidamente atacaron los apaches matando a dos pimas, hirieron a otro y escaparon con un buen botín. El capitán pablo Romero, comandante de Tucsón, salió en su persecución con sus 54 soldados, alcanzándolos al suroeste del actual Nogales, en la sierra de la Arizona, matando a cuatro apaches y recuperando lo robado.

A pesar del triunfo, poco después las pocas familias que vivían en Calabazas abandonaban el lugar, cambiándose a Tumacácori, con lo que esta misión quedó ahora sin visitas y aún más aislada que antes.